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El impacto de la actividad humana ha ocasionado profundos cambios en la estructura y composición de los ecosistemas del país. Algunos de los cambios visibles en la actualidad provienen desde épocas precolombinas ; tal es el caso de las ecoregiones de tierras altas como las Punas y varios sectores de los valles secos mesotérmicos. Otros cambios se iniciaron e incrementaron en forma progresiva desde la Colonia a influjo de los drásticos cambios en las modalidades del uso de la tierra y los recursos. Por ejemplo es en esta época que se incia el proceso de ganadería inicialmente misional en las sabanas del Beni.

Probablemente los impactos y cambios mas importantes alcanzaron un ascenso asintótico a partir de la república, agudizándose mucho mas a principios de este siglo. En esta etapa es importante mencionar el auge de la goma y el inicio del deterioro de la vida silvestre amazónica, la cacería comercial masiva de fauna entre 1930 y 1985 inclusive, la explotación selectiva de la Mara (Swietenia macrophylla) en casí todas las Tierras Bajas del país, el avance explosivo de la frontera agrícola en función a un proceso de colonización desordenado y a gran escala y el crecimiento de la agroindustria en especial en el Departamento de Santa Cruz.

Entre los fenómenos mas impactantes a los ecosistemas del país se pueden mencionar :

   Remoción de extensas superficies de bosques para fines agropecuarios sobre suelos y topografía no aptos, favorecida por la construcción mal planificada de caminos o vías férreas ;

   Sobrepastoreo agudo de pastizales en tierras altas y de los valles ;

   Quemas extensas e incontroladas que afectan la cobertura natural de pastizal de tierras altas y tierras bajas, matorrales, bosques y diversos tipos de cobertura secundaria ;

   Procesos erosivos intensos producto de la pérdida de cobertura vegetal por agricultura intensiva sin protección estructural de suelos o pendientes, y sobrepastoreo ;

   Extracción forestal selectiva y exhaustiva de grandes volúmenes de Mara principalmente (Swietenia macrophylla), apertura de una red intricada de caminos de extracción en zonas de bosques naturales muy frágiles ;

   Contaminación por actividad minera o de hidrocarburos ;

   Contaminación por agroquímicos en zonas extensas de actividad agroindustrial ;

   Impactos a vegetación y fauna de zonas naturales por actividades de prospección y explotación petrolífera o geotérmica ;

   Impactos a la vegetación y fauna por daños mecánicos de la construcción de caminos ;

   Cacería expoliativa comercial de especies de vida silvestre o recolección comercial de sus derivados (p.ej. huevos) ;

   Cacería doméstica exhaustiva en zonas densamente colonizadas ;

   Pesca con dinamita en los ríos de montaña principalmente.

Los procesos erosivos afectan a la mayor parte de la región de la Puna en las tierras altas, los pastizales nativos solo existen en zonas poco accesibles o sin paso al ganado o fuegos (p.ej. predio de las ruinas de Tihuanacu).

Mas de un 80 % de la superficie de valles secos en los Departamentos de La Paz, Cochabamba, Chuquisaca, Potosí y Tarija se encuentran totalmente degradados y con procesos erosivos irreversibles. La fuerte deforestación de las cuencas superiores ha acelerado en el área los procesos erosivos. Se desconocen los valores de escorrentía, sin embargo dada la pendiente general del área y la falta de cobertura vegetal se estima que estos son muy altos.

El potencial biológico del área es en general muy bajo, en relación al uso secular de recursos en la zona. El estado de la vegetación del área refleja un deterioro de siglos de extracción, quemas y pastoreo, todas las comunidades vegetales presentan diferentes estados de degradación.

Como producto de las presiones degradativas se observan los siguientes efectos en los valles secos :

   disminución de la diversidad de especies en las formaciones de vegetación ;

   disminución de la cobertura vegetal ;

   disminución de la productividad ;

  profunda alteración de las fases de regeneración natural ;

   perturbación de los ramajes por ramonéo ;

   selección negativa de especies tóxicas por sobrepastoreo.

Una de las características de degradación mas importantes de la región fue la remoción del bosque seco caducifolio y su restricción a parches relictuales aislados en áreas alejadas y de dificil accesibilidad, esta cubierta fue reemplazada a lo largo de los siglos por un extenso matorral bajo muy pobre, abierto a disperso, y un monte espinoso microfoliado y cardonales de cactáceas.

En todas las ecoregiones del país existió y aún existe una presión de cacería que afecta a las poblaciones de diversas especies de fauna. En zonas de colonización con densas poblaciones humanas el efecto de acoso y cacería se traduce en severos procesos de vaciamiento faunístico.

Por ejemplo los recursos de la fauna silvestre en la amazonía boliviana estuvieron sujetos a una fuerte depredación entre 1940 y 1985, el mayor impacto de la cacería comercial se produjo probablemente en las décadas de los 60 y 70. Las poblaciones de numerosas especies fueron notablemente disminuidas y algunas llegaron casi al punto de extinción debido a la caza expoliativa para pieles y cueros, así como por la captura viva.

Principales factores de perturbación ecológica y efectos observables más directos :

   Por ecoregión

   Por departamento